報告題目:Showcasing Py-ChemShell v21—Introducing the Brand New Biomolecular Simulation Workflow
報告人:呂游 博士(Daresbury Laboratory高級計算科學家)
報告時間:2022年1月5日(周三) 19:00-21:00
報告地點:東三樓321會議室
報告摘要:
ChemShell是一個高度可腳本化的計算化學程序。除了支持各種類型的計算以外,ChemShell的主要優勢在于作為多個軟件之間的接口能很好地處理量子力學/分子力學(QM/MM)組合計算。Py-ChemShell是基于當今最流行的編程語言Python對原始基于Tcl語言的Chemshell進行重新開發。就在兩周前,Py-ChemShell發布最新版V21。該版本中最突出的特點在于擁有全新的生物大分子模擬工作流程,可自動執行用于QM/MM計算的反應模型構建。它顯著降低了使用QM/MM方法進行理論化學計算的門檻。在本講座中,Py-ChemShel項目的首席開發人員呂游博士將通過代碼來演示運行該軟件的基本流程。
報告人簡介:
呂游,2005年畢業于北京大學,并獲得學士學位;2005年-2011年于德國馬克斯-普朗克煤炭研究所攻讀博士學位,主要進行半經驗方法的發展和激發態模擬的相關研究。博士后期間繼續從事溶劑化的有機體系激發態動力學研究工作以及Tcl-Chemshell的改進和優化。2012年-2014年,在荷蘭 Amsterdam Density Functional company (SCM公司) 進行科學研究工作,開展了對基于密度泛函的緊束縛模型(DFTB)以及色散校正的相關研究。2014年至今,作為資深計算科學家全職加入英國UKRI STFC Daresbury Laboratory工作,先后主持Py-Chemshell程序的全棧設計和開發,并致力于將其用于材料科學計算和生物大分子體系模擬的研究。